春秋时期，新邱属东胡地。战国属燕国。秦属辽西部，不久成为匈奴左贤王领地。三国时期，新邱全境归鲜卑慕容部。自南北朝以后，经隋、唐、宋，一直为契丹活动地区。元属懿州。
明为营州左屯卫地，旋废入泰宁卫。清时，先后属土默特左翼游牧地、塔子沟东境地、三座塔厅地、朝阳地。1946年设新邱区公所，属阜新县。1958年建阜新市第三区，1959年改新邱区。
1996年，新邱区面积24.5平方千米，人口约8.3万人。辖4个街道：街基街道、北部街道、中部街道、南部街道。
2000年第五次人口普查，新邱区常住总人口65293人，其中：街基街道20283人，中部街道18426人，北部街道19807人，南部街道6777人。
2002年4月27日，国务院（国函[2002]33号）批复同意调整阜新市部分行政区划：将细河区的长营子镇划归新邱区管辖。
2002年6月，新邱区面积127.93平方千米，人口约9.43万人。辖4个街道、1个镇：街基街道、北部街道、中部街道、南部街道、长营子镇。共有25个社区、16个行政村。区政府驻新邱大街53号。
2010年第六次人口普查，新邱区常住总人口81816人，其中：兴隆街道20229人，中兴街道11859人，益民街道11784人，新发街道11553人，长营子镇26391人。