2000年，莆田县秀屿镇更名为东庄镇。同年第五次人口普查（常住人口），埭头镇112739人，平海镇77334人，南日镇50724人，笏石镇103758人，秀屿镇53061人，灵川镇49329人，忠门镇20523人，东铺镇26524人，湄洲镇32042人，山亭乡34970人，月塘乡34885人。
2002年2月1日，国务院批准同意撤销莆田县，设立莆田市荔城区和秀屿区。将原莆田县的笏石、东庄、忠门、东埔、湄洲、东峤、埭头、平海、南日9个镇和山亭、月塘2个乡划归秀屿区管辖，区政府驻笏石镇。
2010年1月7日，省政府（闽政文[2010]7号）批复同意撤销山亭乡，设立山亭镇。
2010年第六次人口普查，秀屿区常住总人口570741人，其中：笏石镇106683人，东庄镇42302人，忠门镇16632人，东埔镇17591人，东峤镇89173人，埭头镇94360人，平海镇69213人，南日镇50784人，湄洲镇30329人，山亭镇26828人，月塘乡26740人，前沁农场60人，后海管理局46人。