古名蜴子沟。清康熙年间创业功臣丰安东将其祖坟迁至此地，故得名“南坟”。1942年取谐音更名“南芬”。1948年设立南芬郊区，属本溪市。1956年属本溪县。1959年属本溪市牛心台区。1968年属立新区。1984年复设本溪市南芬区。
1997年，南芬区面积616平方千米，人口8.9万人。辖2个街道、1个镇、1个乡、1个民族乡：铁山街道、南芬街道、下马塘满族镇、南芬乡、思山岭满族乡。区政府驻南芬街东端。
2000年第五次全国人口普查，南芬区总人口88289人，其中：南芬街道31006人，铁山街道19733人，下马塘满族镇13770人，南芬乡12521人，思山岭满族乡11259人。
2002年1月10日，辽宁省人民政府（辽政[2002]15号）批复同意撤销下马塘满族镇，设立下马塘镇。
2005年底，南芬区辖2个街道、1个镇、1个乡、1个民族乡：南芬街道、铁山街道、下马塘镇、南芬乡、思山岭满族乡。
2006年5月8日，辽宁省人民政府《关于同意调整本溪市部分乡镇行政区划的批复》（辽政[2006]94号）批准，撤销南芬乡，设立郭家街道办事处，其行政区域不变，实行街道管村体制。